Zorgen voor schoon en ecologisch gezond oppervlaktewater is  één van de kerntaken van de waterschappen. Dat betekent goede ecologische en chemische omstandigheden voor planten en dieren in het water, maar ook een optimale kwaliteit voor gebruikers van het water, zoals de energie-, transport- en landbouwsectoren, sportvissers, pleziervaarders en zwemmers.

Kaderrichtlijn water

Voor een aanzienlijk deel van het water in Nederland schrijft de Kaderrichtlijn Water (KRW) voor wat de minimale kwaliteitsdoelstellingen zijn. Deze richtlijn is sinds 2000 van kracht in de Europese Unie en bevat afspraken die ervoor moeten zorgen dat uiterlijk in 2027 het water in alle lidstaten voldoende school en gezond is. De waterkwaliteitsgegevens zijn beschikbaar via het Waterkwaliteitsportaal. 

Invasieve exoten zijn planten en dieren die van origine niet in Nederland voorkomen en schade aanrichten aan de omgeving. Ook het watersysteem kan hier veel last van hebben.  In 2016 is de eerste officiële lijst opgesteld met soorten waarvoor in de EU een verbod bestaat op bezit, handel, kweek, transport en import. In 2017 is deze aangevuld tot 49 soorten.